Первый ком, в гугле найдешь как изменить размер заливаемой базы, плюс нужно изменить время обработки скрипта, так же найдешь в гугле. Я больше 100 мб заливал на Denwer и чистил таблицы без проблем.

MySqli , а создать на хосте базу залить там очистить и скачать не пробывал?

Зря ты так. Я им открывал и по гигу файлы, открывает без подвисаний