отправлять при регистрации письмо с кодом либо ссылку с явным GET параметром в виде кода
после отправки письма с кодом писать в базу статус аккаунта 0 и код высланный в письме
потом выводить заглушку с просьбой ввести код из письма, после ввода кода сверять его с записанным в базу и если он совпал, то апдейтить статус аккаунта на 1 и убирать заглушку авторизуя пользуна и пропуская на сайт
если высылать ссылку, то выводим окно с сообщением перейти по ссылке в письме и при переходе по ней проверять соответствие GET параметра коду записанному в базе и если совпали то пишем статус аккаунта 1 и авторизуем пользуна и пропуская на сайт